La Unidad de Posgrado de la Facultad de Ciencia Naturales y Matemáticas, está compuesto por los programas de posgrado ofertado por las diferentes Escuelas que conforman la Facultad. Se cuentan con 10 carreras de posgrado en el catálogo académico de la Facultad, entre estas 8 maestrías y dos doctorados, incluidos el Doctorado en Física aprobado por CSU en julio 2021. 

Los Programas de Posgrado tienen como finalidad, la capacitación de recurso humano con alto nivel técnico-científico en las áreas las ciencias y la matemática para que contribuya a la solución de las diferentes problemáticas existentes a nivel nacional y regional, además de buscar promover la investigación continua en las áreas de interés, así como consolidar la fundamentación epistemológica, psicológica y pedagógica de la enseñanza y el aprendizaje de la ciencia y la matemática.