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En consonancia con el Art. 3 de la Ley Orgánica de la. Universidad de El Salvador, establece que dentro de sus fines se encuentra el de conservar, fomentar y difundir la ciencia, el arte y la cultura, para formar profesionales capacitados moral e intelectualmente, integrando para ello las funciones de docencia, investigación y proyección social. Para lograr el cumplimiento de los fines de la Universidad era necesario crear el Instituto de Ciencias del Mar y Limnología de la Universidad de El Salvador.

Este Instituto se crea a propuesta de la Junta Directiva de la Facultad, con fundamento en el Art. 32 literales c) y f) de la Ley Orgánica de la Universidad de El Salvador y depende en lo administrativo y financiero del Decano de la mencionada Facultad.  El ICMARES es una entidad académica y científica con carácter multidisciplinario, adscrita a la Facultad de Ciencias Naturales y matemática, con sede administrativa en el campo central de la UES. Pretende instalar en el interior del país estaciones marinas y laboratorios especializados para cumplir sus fines y objetivos.

Como parte de sus atribuciones le corresponde investigar y proponer las medidas de protección, recuperación y manejo de los cuerpos de agua continentales, interiores y los espacios marítimos donde El Salvador ejerce derechos de soberanía y jurisdicción, con el fin de garantizar un medio ambiente sano, ecológicamente equilibrado; así como también la capacitación sobre las medidas que fueren adoptadas, las normas jurídicas relacionadas, y la propuesta de reformas o creación de las que fuere necesarias, incluyendo ordenanzas municipales.