- Contribuir al conocimiento de la estructura y los procesos físicos, químicos y biológicos que regulan la estabilidad de los sistemas marinos y limnológicos de El Salvador.
- Fomentar en los estudiantes la formación de grado y posgrado en Ciencias del Mar y Limnología.
- Difundir conocimiento científico en los campos de Ciencias del Mar y Limnología.
- Promover la Transferencia de tecnología en las áreas de su competencia sobre las ciencias marinas y Limnológicas.
- Fomentar una cultura de investigación científica, tecnológica y de innovación para el manejo sustentable de los cuerpos de aguas continentales, interiores y espacios marítimos.
- Divulgar los resultados de los proyectos de investigación validados por el Consejo Académico, fortalecer la docencia y realizar la proyección social que el Instituto ejecute.
- Articular procesos de investigación y formación académica con las demás unidades académicas de la Facultad y de la Universidad.
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