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  1. Contribuir al conocimiento de la estructura y los procesos físicos, químicos y biológicos que regulan la estabilidad de los sistemas marinos y limnológicos de El Salvador.
  2. Fomentar en los estudiantes la formación de grado y posgrado en Ciencias del Mar y Limnología.
  3. Difundir conocimiento científico en los campos de Ciencias del Mar y Limnología.
  4. Promover la Transferencia de tecnología en las áreas de su competencia sobre las ciencias marinas y Limnológicas.
  5. Fomentar una cultura de investigación científica, tecnológica y de innovación para el manejo sustentable de los cuerpos de aguas continentales, interiores y espacios marítimos. 
  6. Divulgar los resultados de los proyectos de investigación validados por el Consejo Académico, fortalecer la docencia y realizar la proyección social que el Instituto ejecute.
  7. Articular procesos de investigación y formación académica con las demás unidades académicas de la Facultad y de la Universidad.